佛羅里達州對野生動物的保護對相當有成效，就以鱷魚數量來看，1970年代佛羅里達州的數量只剩200多隻，由於保育工作的成功，目前鱷魚數量早已超過150萬隻，佛州67個郡縣的任何有水的地方都可能有牠的蹤影，尤其是大沼澤(Everglades)地區到處可見。因為有禁殺令，當地居民也只能學習如何好好跟鱷魚相處。鱷魚必須至少四英尺長才可被法律認定為滋擾，除非是攻擊情況才可舉報獵殺，一般情況下，鱷魚是受法律所保護的。根據佛州法律，殺死或傷害鱷魚屬第三級重罪(third-degree felony)。除非從州府購買特種鱷魚誘捕或農業的許可證，捕獲並保存鱷魚或其蛋也是重罪，餵食也屬違法，因為這會使得它們不再害怕人類。如果發現鱷魚滋擾情形，可打免費專線866-FWC-GATOR (866-392-4286)，該專責單位(Statewide Nuisance Alligator Program，SNAP)就會立即處理。光是2017年SNAP 就收到13,210通有關鱷魚滋擾的電話，一共移走了8,455隻鱷魚。
短吻鱷(Alligator)目前仍被列為頻危物種，因為它和頻危物種美洲鱷（American crocodile）非常相似。短吻鱷主要生活在淡水和微鹹的水中，包括湖、河、運河和高爾夫球場邊的水塘中。短吻鱷是一種機會主義捕食者，它襲擊任何容易得手的獵物。未成年短吻鱷主要吃昆蟲、兩棲動物、小魚以及其它無脊椎動物。成年短吻鱷則吃魚、蛇、海龜、小的哺乳動物和鳥類。儘管短吻鱷可以在水邊襲擊人類，但還沒有發生在陸地上襲擊人類或者其它動物的事件。短吻鱷一般不會主動襲擊人類，鱷魚專家表示，如果不幸被鱷魚咬住，不要與之拖扯，這樣只會導致鱷魚咬得更緊。應該用拳或者其它硬物猛擊鱷魚的鼻部，這樣它可能會張開嘴巴而得以脫身；也可以拳打或者腳踢鱷魚，或者刺短吻鱷的眼睛，這會使得鱷魚感到不容易征服獵物，這時它便會退卻。當然最保險的方式還是要距離短吻鱷一定的距離，一般在距離短吻鱷40到50英尺的地方，就比較安全了。
佛州主管野生動物的保護工作的機構叫做佛州魚類暨野生動物保護委員會（The Florida Fish and Wildlife Conservation Commission，FWC），總部設於州府塔城，計有2,000多名全職員工，其下有一個位於聖彼得堡的魚類暨野生動物研究院(Fish and Wildlife Research Institute，FWRI)、5個地區辦公室及73個地方辦公室。FWC主要的工作在保護及管理州內多達575種野生動物、200多種原生淡水魚及500多種鹹水魚。
為了控制短吻鱷的數量，每年8月15日起至11月1日清晨止是佛州的「短吻鱷魚季」，先由主管單位決定當年可獵殺短吻鱷的數量，再決定可出售短吻鱷捕獵執照的數量，一般來說每年可售出將近6,000張。每位滿18歲的獵人最多可將2隻短吻鱷帶回家，但前提是─不能用槍，只能用魚叉等工具獵捕，因此當地專門為確保獵人不會空手而回的專業獵鱷公司應運而生。
目前佛州居民購買每張短吻鱷捕獵執照票價為210元，非居民則需付960元，另外需花費62元購買2張CITES標籤(瀕臨絕種野生動植物國際貿易公約：Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora，CITES)。
除了短吻鱷及美洲鱷外， 2009、2011、2014年在佛州的沼澤發現的三條鱷魚，經DNA測驗結果顯示都屬於尼羅河鱷魚。尼羅河鱷魚身體最長可以達6米，而當地鱷魚通常最長4米，牠們除捕食魚蝦、昆蟲、鳥類之外，還會攻擊家畜及人類。另外，緬甸巨蟒也在80年代出現在離原棲地遙遠的佛羅里達大沼澤地區，繁殖迅速，捕食當地瀕臨絕種的野生動物。現在當地大約有多達3萬條緬甸巨蟒。佛州野生動物專家擔心，尼羅河鱷魚及緬甸巨蟒在佛州大沼澤國家公園生存繁殖，會嚴重威脅當地的生態體系。
除了鱷魚外，全美約百分之90的海龜是在佛州的海灘孵化。每年3月到10月間，海龜返岸築窩生蛋至小海龜孵化出海期間的晚間，那些沿岸地區的路燈將關閉或減量，以免光害影響到海龜的繁殖，因為小海龜是靠夜間的月光及海水的反光來導引入海方向。因此佛州臨大西洋的城鎮，尤其是布羅瓦郡羅德岱堡市的沿海地區，會在海灘附近樹立告示牌，提醒車輛駕駛及居民降低光害。
而海牛也是佛州保育工作的重點之一(請見另文：從「海牛(Manatee)」談起)，由於氣候暖化情況愈來愈嚴重，佛州墨西哥灣沿岸的紅潮(Red Tide)及藍綠藻(Blue-green Algae)汙染嚴重，如污泥狀的藍綠藻滿佈湖泊和河流，大量海洋生物因而死亡，可能會造成更嚴重的長期後果。佛州2018年至8月12日，已有540隻海牛死亡，已超過2017年全年總和的538隻，對FWC全體人員來說真是一個不得不勇於面對的困難挑戰。
